中澳联合研究中心是由中澳科学研究基金支持成立的虚拟中心。在中国科技部和澳大利亚工业、创新与科技部的指引下，联合研究中心连接中澳两国的研究机构，在两国政府达成共识的重点科技领域开展研究活动。中澳联合研究中心为两国科学界提供平台，以壮大研究力量，使研究成果能最大化的转变为产品和商品，从而促进科学界和产业界的合作。
2017年3月李克强总理访问澳大利亚期间，两国政府宣布了第三轮中澳联合研究基金的重点资助领域。目前双方已在以下重点领域成立了5家新的联合研究中心：
在2017年3月李克强总理访问澳大利亚时，两国政府宣布第三轮中澳联合研究基金的资助重点集中在以下领域：
- 先进制造
包括大数据在内的天文学相关技术；制造业的新材料；减少风险、增加产量并生产有高附加值的制造业前沿技术
- 医疗技术和制药
帮助个人管理自己卫生保健的科技；更好的公共卫生和服务模式
- 资源和能源
高效、经济、可靠的新型清洁能源、储存技术以及需求响应技术；以化石燃料及其他能源进行的低排放能源生产
此次访问期间，两国总理还宣布双方将建立中澳创新对话机制。以下5家新成立的联合研究中心说明中澳两国正致力于更强的创新和科学联系，促进对绿色能源生产、信息学和基础设施、卫生技术和医疗卫生服务领域的研究。
- 墨尔本大学与中国科学院重庆绿色智能技术研究所：研究低成本柔性太阳能电池和新的近红外技术。
- 弗林德斯大学与南开大学：研发无障碍医疗传感设备，以便及早发现新出现的健康问题，并为健康选择提供支持。
- 悉尼科技大学与长春应用化学研究所：研发低成本的新一代便携式即时检测装置，用以识别遗传疾病、感染以及癌症标志物。
- 阿德莱德大学与上海交通大学：研究风能波浪能联合发电技术，以提升能源安全。
- 悉尼大学与天津大学：研究能源信息学和需求响应技术，以提高能源的可持续性和可负担性，并保护能源基础设施。
联合研究中心还将通过参与合作的中国研究机构获得中国政府的共同投资。
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